Belli çevreler tarafından zaman zaman dile getirilen bir algı da budur: Din bilim ile çatışır! Buradan hareketle bilim adamı olmak ya da bilimsel düşünmek için dinden uzak olmak gerektiği hatta ne kadar uzaklaşılırsa o kadar “bilimsel” olunacağı temellendirilmeye çalışılır. Bu husus özellikle Batı’da pozitivizmin etkisiyle bilimin ve bilimselliğin yükseldiği bir devrede Osmanlı’da önemli bir mesele hâline de geldi. Öyle ki bu dönemde Ernest Renan’ın ortaya attığı “İslam’ın bilime mani olduğu tezi” yaygınlaşınca, pek çok Osmanlı âlimi buna cevap verme ihtiyacı hissetmiştir. Esasında din-bilim çatışması Hristiyanlık ve bilim arasında zuhur eden bir sorundu ve sonraları İslam dünyasına çeşitli yollardan taşındı. Son iki asırda ise bir gerilim olarak ülkemizde genelde dinin aleyhine sürekli gündeme getirildi.
Oysaki din ve bilim kendine göre alanları, konuları ve yöntemleri olan iki farklı olgu ve gerçekliktir. Din adına bilimden vazgeçmek gerekmediği gibi bilim adına da dini terk etmek söz konusu olamaz. Nitekim tarih boyunca dindar kimliği ile bilinen pek çok bilim adamı, herhangi bir sorunla karşılaşmadan mesleklerini hakkıyla icra ettiler. Onların bilimsel ilgi ve çabaları üzerinde dinî inançlarının hiçbir etkisi olmadığı ise söylenemez. Şüphesiz buna İbn Sina, İbnü’l-Heysem gibi İslam dünyasından pek çok örnek verilebilir ancak Einstein ve Newton gibi pek çok Batılı bilim insanı da dindar kişiliğiyle bilinmektedir. Bu, din ve bilimin aynı bünyede ve birbirleriyle uyumlu bir şekilde vücut bulabildiğini imlemektedir.
Bu meseleye cevap vermek için öncelikle başlıkta yer alan iki kavramı tanımlamak önemlidir. Dinin öyle herkes tarafından kabul edilen bir tarifi olmasa da şu tanım genelde kabul görmüştür: “Din, akıl sahiplerini kendi iradeleriyle dünya ve ahirette mutlu etmeyi amaçlayan ilahi bir nizamdır.” Buradan hareketle öncelikle dinin akıl sahibi insanları muhatap aldığı ve onları her iki hayatta huzura kavuşturmak istediği anlaşılır. Dinî emir ve yasakların kaynağı ise elçiler vasıtasıyla gelen ilahi bildirim yani vahiydir. Bu ilkelerin değerli olması için ise öncelikle Yüce Varlık’a gönülden inanmak ve teslim olmak gerekir. İnanç kalbin bir fiilidir ve kaynağı itibarıyla metafizik bir olgu olan din, Allah ve kul arasında özel bir ilişkidir. Böylece insan, varlığın kendisi, kaynağı ve hedefi hakkındaki sorularını gidermeye çalışır. Bu cevapların etki gücü ise inanca bağlı olarak değişir. İnanmayan ya da inanmak istemeyen bir kimseyi dinin önermeleri ile tatmin etmek söz konusu olamaz. Zira dinin inanç olarak ortaya koyduğu hususlar aklen idrak edilmek anlamında makul olsalar da aklın tümüyle kuşatması anlamında akli değildir.
Bilimin de tıpkı din gibi tek bir tanımı yoktur. Deney ve gözlem yoluyla olgu ve olaylar arasındaki sebep-sonuç ilişkisini ve bunun oluşturduğu düzeni anlamaya çalışan bir faaliyet olarak nitelenebilir. Bilim elde ettiği verilerden hareketle, olan bitenin hangi yasalara göre ve nasıl oluştuğunu aydınlatmaya ve öngörülebilir bir hayat kurmaya çalışır. Bilim esasen tüm zorluğuna rağmen dinin hedeflediği inanç ve değer dünyasını dışarıda tutar, tarafsız ve objektif biçimde somut ve nesnel gerçekle ilgilenir. İnsan, diğer canlılardan ayrılan düşünme yeteneği ile evreni anlamaya ve ondan kendi rahatı için bazı keşifler icat etmeye çalışır. Bilim bunun için rasyonel metot altında sıralanabilecek pek çok yöntemi kullanır ki içlerinde en önemlisi; tek tek olgulardan hareketle sonuca ulaşmak yani tümevarım yapmaktır.
Bu açıklamalardan sonra, anlam arayışının vasıtaları olarak din ve bilimin, yöntem ve hedef bakımından farklı oldukları söylenebilir. Bu sebeple her ikisini kendi mecrasında kabul etmek gerekir. Dinin kaynağı öncelikle ayet ve hadislere dayalı naklî bilgidir, Allah’ın varlığı, nübüvvet ve haşir gibi konular aklın tümüyle kuşatamayacağı hususlardır. Elbette bir bilim adamı bu konularda şahsi görüş belirtebilir ancak bunların bilimsel yönteme uymadığını da bilmelidir. Bu sebeple Yüce Allah yaratma ve yeniden diriltme gibi soyut konuları insan aklına “yaklaştırmak” için, tabiatta her gün karşımıza çıkan somut olayları delil getirmiştir. İslam âlimleri de Allah’ın varlığı gibi fizikötesi (gaybî) konuları ispat için (isbat-ı vacib), zorunlu olarak bilinen ve bilimin konusu olan tabiattan hareket etmişlerdir.